Der PokeDex 3D ist das erste Pokemon Game für den Nintendo 3DS. Man kann es sich kostenlos im Eshop downloaden. Im PokeDex 3D sind alle Pokemon (außer Genesect, Keldeo und Melleotta) enthalten und deren Daten. Außerdem kann man deren Ansichten wechseln und hat somit eine Ansicht von allen Seiten. Man kann auch den Ruf den jeweiligen Pokemon hören. Und man kann heranzoomen, um das Pokemon näher zu betrachten, und natürlich auch wieder wegzoomen.

Zu beginn hat man im PokeDex 3D 16 Pokemon gespeichert. Aber via Spotpass und sonstigem kann man mehr als 150 Pokemon speichern. Bisher scheint es nur Pokemon aus der 5 Generation zu geben, aber es wäre möglich, dass sich dies noch ändert.

Wie gesagt gibt es am Anfang nur 16 Einträge. Über folgende Optionen kann man sich aber noch mehr holen:

- Mit der SpotPass-Funktion kann man pro Tag drei zufällige Einträge bekommen.

- Mit Freunden Einträge tauschen

- Mit AR-Marken, denn jedes der über 150 Pokémon hat seinen eigenen Schwarz/Weiß Code.