Bei Pokemon Smaragd (US-Name: Emerald) handelt es sich um eine Spezialedition basierend auf Pokemon Rubin und Pokemon Saphir. Erstmalig erschien die neue Edition in Japan am 16.09.2004 und mit der gewohnten Verzögerung von rund einem halben Jahr am 01.05.2005 in den USA. In Europa erschien das Spiel unter dem Namen Pokemon Smaragd am 21.10.2005.

• Allgemein: Die Grafik wurde leicht verbessert und es wird die Schriftart aus Feuerrot und Blattgrün verwendet. Ferner wurde der Intromovie leicht verändert.
• Allegemein: Die Pokemon-Animationen entsprechen nun auch der alten Crystal-Version wieder.
• Allgemein: Die Spielfigur trägt andere Kleidung ^^
• Allgemein: Nach dem Sieg über die Top4 erhält man den Nationaldex und ein Tausch mit Blattgrün und Feuerrot ist möglich.
• Allgemein: Die Fangmethode für Regice, Regirock und Registeel wurde leicht verändert
• Allgemein: Kleine Änderungen am Zuchtsystem für Eier-Brüten.
• Story: Man kämpft nun gegen Team Aqua UND Team Magma
• Story: Team Aqua und Team Magma haben nun jeweils eine Basis
• Story: Die Arenaleiter haben etwas andere Pokemon-Teams und der 8. Arenaleiter wurde offenbar komplett ausgetauscht.
• Story: Die Top4 wurden teilweise bei ihren Pokemon-Teams verändert und der Champion ebenfalls.
• Story: Der Rivale ist nicht mehr der stärkste Gegner. Nach den Top4 kann man die Meteorfälle noch einmal besuchen um dort den echten Champion zu finden.
• Pokemon: Man kann nun Kyogre und Groudon bekommen! Der Weg um das jeweilige Pokemon zu bekommen ist nicht so leicht und mit einiger Mühe verbunden.
• Pokemon: Man kann nun wählen ob man ein Latias oder Latios fangen will. Dazu braucht man im eigenen Haus (nach den Top4) nur den Bericht über Latias und Latios anschauen und die Frage der Mutter nach dem bevorzugten Pokemon mit Rot (Latias) oder Blau (Latios) beantworten.
• Pokemon: Mit Hilfe von speziellen Tickets (Aurora, Mystic und die "Alte Seekarte") kann man Lugia, Ho-Oh, Deoxys und Mew (Lvl. 30) fangen. Alle Tickets gab es wieder NUR bei einer Pokemon Tour von Nintendo.
• Pokemon: Die Safarizone wurde erweitert und ermöglicht nach dem Erhalt des nationalen Pokedex (also nach den Top4) den Zugang auf ein neues Gebiet innerhalb der Zone, wo man dann neue Pokemon fangen kann.
• Pokemon: Sobald man den Hoenn Dex fertig hat (200 Pokemon ohne Jirachi und Deoxys) kann man sich eines von drei Starterpokemon der Gold/Silber/Kristall Edition aussuchen: Endivie, Karnimani oder Feurigel!
• Pokemon: Man kann nun ein Eneco gegen ein Mauzi tauschen.
• Pokemon: Man kann nun ein Volbeat für ein Plusle eintauschen.
• Pokemon: Man kann nun ein Kindwurm für ein Seeper eintauschen.
• Pokemon: Man kann nun ein Trasla für ein Samurzel eintauschen.
• Pokemon: Wer ein Deoxys nach Emerald importiert erhält eine leicht veränderte Version, die besonders schnell ist.
• Items: Das Telefon kommt wieder zurück! Man kann nun Trainer und Arenaleiter anrufen und mit ihnen neue Kämpfe austragen! (wie bei Gold/Silber/Kristall)
• Items: Man kann nun beide Fossilien erhalten (und damit beide antike Pokemon). Das erste gibt es in der Wüste bei Route 111 in einer Höhle, das zweite in einer Höhle hinter dem Haus des Fossiliensammlers bei Route 114. Letzteres benötigt allerdings den nationalen Pokedex.
• Items: Es gibt mehr TM-Lehrer von denen man die TM nun auch mehrmals kaufen kann!
• Ort: Es gibt nun die Kampf Zone, eine neue Gegend, die unter anderem verschiedene Arenas enthält wie z.B. Kampfarena, Kampffabrik, Kampfturm usw. Hier kann man sich überall verschiedene Abzeichen verdienen und diese sammeln.